Proche de Jean Oury et de son frère Fernand, Félix Guattari a travaillé toute sa vie à la clinique de La Borde, haut lieu de la psychothérapie institutionnelle. Il a suivi longtemps le séminaire de Jacques Lacan, qui fut son psychanalyste. Il a pris ses distances avec le « lacanisme » au fil de sa collaboration avec Gilles Deleuze (c’est lui l’inventeur du concept « déterritorialisation »), tentant de renouer avec l’inventivité première de la psychanalyse, et a trouvé quelques échos notamment dans la pratique brésilienne.
Il a été à l’origine du Centre d’études, de recherches et de formation institutionnelles (CERFI, 1965-1987), dont la revue Recherches publia des dizaines de numéros spéciaux, approches amoralistes du travail, de l’école, des toxicomanies, des féminismes, des homosexualités et des dites « perversions ».