Réalise depuis une dizaine d’années des films documentaires autour de l’absence, des traces de mémoire, de l’inscription du passé dans notre quotidien. A réalisé sur ce thème plusieurs films de long-métrage pour Arte, dont La Quatrième génération, saga historique sur sa famille, Trois Soldats allemands, enquête historico-romanesque sur un disparu de la guerre de 1940, ou encore L’Affaire Valérie, enquête sur le souvenir d’un fait divers.
Bienvenue à Bataville, fable sur le bonheur obligatoire au XXème siècle, est sorti au cinéma en 2008.

Sa formation universitaire (agrégé de philosophie) le porte à aborder parfois des sujets plus théoriques (L’Homme qui écoute et Naissance de la parole, films sur les sciences neuro-cognitives) ainsi que des portraits d’intellectuels et écrivains : Peter Sloterdijk, un philosophe allemand, ou Julia Kristeva, étrange étrangère, ou encore J.M.G. Le Clézio, entre les mondes.

Outre la réalisation de ses films, François Caillat mène quelques activités liées au cinéma documentaire :
Dirige la collection Cinéma documentaire (publication de débats, textes critiques et scénarios) aux éditions L’Harmattan. Dernier ouvrage paru : Le style dans le cinéma documentaire (2007)
Cofondateur du collectif GULLIVER, destiné à la promotion de films documentaires français et étrangers.
Administrateur de l’association Documentaire sur Grand Ecran.
Membre (et ancien président) de l’association des documentaristes Addoc.
Ancien membre de la Commission Télévision, du jury Brouillon d’un rêve, et du Conseil d’Administration de la SCAM.
Intervient régulièrement pour présenter son travail, ou en en pilotage de films et accompagnement de scénarios (Atelier Documentaire de la Femis, Images en Bibliothèque, CNC, etc.)